Ustawiczne mieszanie się Rosji w wewnętrzne sprawy Rzeczpospolitej budziło sprzeciw Polaków i w konsekwencji doprowadziło do zawiązania konfederacji w obronie wiary katolickiej, „złotej wolności” i niepodległości kraju, skierowanej przeciwko królowi Stanisławowi Augustowi Poniatowskiemu i popierającej go carycy Katarzynie II.
Bezpośrednią przyczyną jej powołania stało się bezprawne wywiezienie na Syberię biskupa krakowskiego Kajetana Sołtyka, biskupa kijowskiego Józefa Andrzej Załuskiego oraz hetmana polnego koronnego Wacława Rzewuskiego
Do zawiązania konfederacji doszło 29 lutego 1768 r. w Barze na Podolu. Inicjatorami tej akcji byli biskup kamieniecki Adam Stanisław Krasiński oraz marszałek nadworny koronny Jerzy August Mniszech. Przywódcami konfederacji stali się Michał Hieronim Krasiński (marszałek generalny konfederacji w Koronie), Joachim Potocki (regimentarz generalny konfederacji w Koronie), Michał Jan Pac (marszałek generalny konfederacji na Litwie), Józef Sapieha (regimentarz generalny konfederacji na Litwie) oraz Józef Pułaski (marszałek związku wojskowego konfederacji).
Konfederacja barska w początkowym okresie objęła Podole. Atak konfederatów m.in. na stacjonujące na terytorium Rzeczpospolitej od 1763 r. garnizony rosyjskie zaskoczył króla Stanisława Augusta oraz Rosjan (ich siły wynosiły 26 000 żołnierzy).
Ambasador rosyjski Nikołaj Repnin zaczął koncentrować własne wojska i zażądał współudziału wojsk królewskich w działaniach militarnych przeciwko konfederatom. W końcu kwietnia oddziały rosyjsko-królewskie wkroczyły na Podole. 13 czerwca zmuszono do kapitulacji oddział Józefa Pułaskiego w Berdyczowie (dowództwo nad wojskami konfederatów objął Joachim Potocki), zaś 20 czerwca zdobyły Bar. Jeńców. Pod warunkiem „wyprzysiężenia się z konfederacji”, wypuszczono na wolność.
W czerwcu i lipcu ruch konfederacki objął Małopolskę i Wielkopolskę, lecz wkrótce został tam stłumiony. Od sierpnia do października trwały działania na Litwie, lecz i tam konfederaci zostali zmuszeni do złożenia broni. W końcu roku ruch konfederacki faktycznie wygasł. Walczyły tylko nieliczne grupy w Małopolsce i Wielkopolsce, na Podolu prowadzili działania partyzanckie bracia Pułascy.
25 września 1768 r. Turcja wypowiedziała wojnę Rosji pod pretekstem żądania opuszczenia terytorium Rzeczpospolitej przez wojska rosyjskie. To m.in. sprawiło, iż siły rosyjskie stacjonujące w Rzeczpospolitej zmniejszyły się do stanu około 10 000 żołnierzy. To umożliwiło (jak i pomoc finansowa Turcji i Francji) na odrodzenie ruchu konfederackiego w Wielkopolsce, Małopolsce, części Mazowsza oraz ziemi sieradzko-łęczyckiej.
W styczniu 1769 r. oddziały wielkopolskie zajęły czasowo Częstochowę, Piotrków i Radom. Marszałkowi Ignacemu Malczewskiemu udało się zwiększyć liczebność własnych sił do 5 000 żołnierzy i na ich czele prowadzić akcje wypadowe na teren Pomorza oraz w okolice Torunia. Natomiast marszałek Józef Bierzyński oraz przybyli z Podola bracia Pułascy (Antoni, Franciszek i Kazimierz) podjęli działania w Małopolsce. Po walkach o Lwów Pułascy przenieśli się na Litwę, jednak ich oddziały zostały rozbite pod Orzechowem koło Włodawy. Walki sił konfederackich miały też miejsce na Lubelszczyźnie i w Krakowskiem.
W listopadzie tego roku kierownictwo nad działaniami zbrojnymi konfederatów objęła Generalność, stanowiąca najwyższą władzę zwierzchnią ruchu. Za zgodą Austrii rezydowała ona na jej terytorium w Preszowie, a potem w Cieszynie. Generalność mianowała komendantem głównym wojsk Adama Szaniawskiego.
Wobec sukcesów Rosji w wojnie z Turcją sytuacja militarna konfederatów pogorszyła się. Po zajęciu Krakowa (9 września 1769 r.) oddziały płk. Iwana Drewitza 23 stycznia 1770 r. rozbiły konfederatów pod Dobrą (do niewoli dostał się Adam Szaniawski). Wkrótce potem klęskę poniosły też formacje wielkopolskie pod Kcynią i Zawadami. W tej sytuacji konfederaci przeszli do prowadzenia ograniczonych akcji partyzanckich. Mimo to udało im się 9 września zająć Częstochowę
Jesienią 1770 r. dowództwo wojskowe konfederatów przejęła Rada Wojenna, choć faktycznie sprawował je Francuz, płk Charles Dumouriez.Wobec braku checi króla Stanisława Augusta prowadzenia pertraktacji z konfederatami 22 października 1770 r. Generalność ogłosiła w Preszowie detronizację władcy i bezkrólewie. Jednak jej przedstawiciele bezskutecznie próbowali zjednać dla swej sprawy królewicza Karola Krystyna Wettina, któremu zamierzano oddać polską koronę.
W 1771 r. oddziały płk. Dumourieza zajęły tereny na prawym brzegu Wisły od Śląska po Dunajec. Jednak kontrofensywa rosyjska przeprowadzona przez gen. Aleksandra Suworowa doprowadziła do rozbicia sił konfederatów m.in. pod Lanckoroną. Ostatecznie we wrześniu i październiku siły gen. Suworowa zniszczyły wojska konfederatów w Małopolsce. Ich resztki przedarły się na teren Wielkopolski. Porażki te sprawiły, że od września dowództwo wojskowe konfederatów objął gen. Antoni du Houx Viome`nil.
W końcu 1771 r. Rosjanie zwiększyli swoje siły skierowane do walki z konfederatami. Poważnym błędem konfederatów stała się zorganizowana nieudana próba porwania króla Stanisława Augusta, dokonana w Warszawie (3 listopada). Była to skuteczna prowokacji rosyjska. Spowodowała ona odwrócenie się od konfederacji dotąd jej przychylnej europejskiej opinii publicznej.
Do działań w Rzeczpospolitej przystapiły Prusy, których wojska zajęły Poznań oraz Łęczycę, tym samym zadając poważny cios konfederatom. Opanowanie Wawelu przez siły konfederackie (2 lutego 1772 r.) nie miało już większego znaczenia.
17 lutego Rosja i Prusy podpisały wstępną konwencję rozbiorową, przyjętą przy akceptacji Austrii.
Wkraczające wojska zaborców tłumiły resztki zbrojnego oporu. 23 kwietnia złożyła broń załoga Wawelu, w czerwcu Austriacy przyjęli kapitulację Lanckorony, a potem Tyńca. Najdłużej, bo do 18 sierpnia 1772 r. trwała obrona Częstochowy (twierdza jasnogórska).
Ponad czteroletnie działania konfederatów (maksymalny stan ich oddziałów wyniósł 20 000 ludzi w 1769 r.) miały miejsce mimo braku jednolitego, doświadczonego dowództwa. Wszechobecność wojsk wroga utrudniała organizację oddziałów, co z kolei przyczyniało się do ich mniejszej sprawności bojowej.
Po upadku konfederacji barskiej zesłano na Syberię – według szacunków ambasadora Repnina – około 14 000 jej uczestników, resztę przymusowo wcielono do armii rosyjskiej.
Konfederacja barska stała się pretekstem dla państw ościennych do dokonania I rozbioru Rzeczpospolitej.